A tres años, 6 meses (enero de 1998) de haber sido nominado como ministro de fuero para conocer de las querellas presentadas contra A PINOCHET Y OTROS BAJO EL ROL 2182-98 el M- Juan Guzmán ha desarrollado varias líneas de investigación en los episodios :

A. CARAVANA DE LA MUERTE
A 1º de diciembre de 2000 tiene sometidos a proceso a los generales A-.. Pinochet, S. Arellano, coroneles Moren B. Sergio Arredondo, Pedro. Espinoza y Patricio. Díaz, capitán Armando Fernández Larios (solicitud de extradición pendiente) y al civil abogado David Rojas.

B. OPERACION COLOMBO - SECUESTRO DAVID SILBERMAN
Procesados M. Contreras S. Marcelo Moren y Armando Fernández Larios .

C. COLONIA DIGNIDAD Y SUS RELACIONES CON LA DINA
Procesado el ciudadano alemán Gerard Mucke y orden de arresto contra Pául Schaffer. Por el secuestro del militante del MIR Alvaro Vallejos Villagrán

D. PROCESO DE LIQUIÑE
Se investiga secuestro y ejecución de 15 campesinos en la precordillera de la Décima Región. Procesado el empresario maderero Luis García Guzmán (actualmente en libertad bajo fianza.-

E. PISAGUA
Procesados General r. Carlos Forestier, suboficial r. Miguel Aguirre.

F. INVESTIGACION A EX CENTROS DE TORTURAS
Villa Grimaldi, Londres 38 y J Domingo cañas.
En el cuaderno Villa Grimaldi se encuentran procesados generales r. Manuel Contreras,, Miguel Krassnoff Marchennko, coronel Marcelo Moren, suboficial r,. Basclay Zapata y el civil Osvaldo Romo por los delitos de asociación ilicita , y secuestro calificado y homicidio de 12 opositores .

G. SECUESTRO DE 8 ALTOS DIRIGENTES DEL PARTIDO COMUNISTA - CASO CALLE CONFERENCIA
Procesados M. Moren coronel r de carabineros Guillermo Lawrence Mires, al oficial r. Eduardo Garea y al civil Osvaldo Pincetti.
A Manuel Contreras se le favoreció con la aplicación de la cosa juzgada, falta la resolución del M Guzmán )

H. PROCESO DE DESAFUERO CONTRA AUGUSTO PINOCHET

J. ASESINATO DEL PERIODISTA NORTEAMERICANO CHARLES HORMAN, septiembre de 1973.

K. REMOCIONES DE CUERPOS EN CALAMA

L. QUERELLA POR EL HOMICIDIO DE LOS MENORES JIM BOSSY Y RODRIGO PALMA MORAGA de 8 y 7 años de edad, La serena 24 de Diciembre de 1973.

M. PROCESO POR LA EJECUCIÓN DE 4 MILITANTES SOCIALISTAS EN EL LAGO RANCO (16 de Octubre de 1973)

N. PPROCESO POR EL SECUESTRO CALIFICADO DE 15 PERSONAS EN LA CIUDAD DE PARRAL 11 de Septiembre de 1973 a 1974

O. PPROCESO POR EL HOMICIDIO DE 12 PERSONAS EN TOCOPILLA 18 de Septiembre y 23 de Octubre de 1973 a 1974